Miền Bắc
Ở Hà Nội, người dân Thủ đô thường ăn trứng vịt lộn vào bữa sáng. Trứng luộc chín được đập tách đôi vỏ, cho vào bát, thêm chút muối tiêu, gừng sợi, vài cọng rau răm. Vị bùi béo của trứng, lẫn chút cay cay, the the của răm gừng, tạo nên bữa sáng hoàn hảo. Ngoài ra, trứng vịt lộn còn được nhiều người ăn cùng với bún riêu, bún ốc.
Bên cạnh đó, ở Hà Nội và Hải Phòng còn hầm trứng vịt lộn với ngải cứu, tiết và thịt gà. Trứng vịt lộn luộc chín, hầm với lá ngải cứu, tiết lợn, thịt gà trong 2 - 3 giờ. Trứng thấm đậm gia vị, đăng đắng, thơm lừng của ngải cứu, nóng hổi và bổ dưỡng. Khi ăn, thêm chút gừng sợi, măng ngâm chua hoặc vắt chút quất cho đỡ ngán.
Miền Trung
Thông thường, người miền Trung, nhất là người Huế, khi ăn trứng vịt lộn thường để cả quả, đập nứt vỏ một đầu trứng rồi bóc ra, sau đó cho gia vị và dùng thìa ăn. Ăn tới đâu, bóc vỏ tới đó. Một số nơi cũng ăn kèm rau răm giống ở Bắc. Ở Huế và Đà Nẵng còn um trứng vịt lộn với bầu cắt nhỏ, vừa thanh mát, vừa bổ dưỡng, ăn cùng cơm hay bún đều ngon.
Tại Quảng Ngãi trứng còn được ăn cùng don biển. Don sau khi cào về, ngâm rửa sạch rồi luộc, lấy phần thịt. Nước don thì nêm gia vị, thêm hành tây, hành lá thái mỏng, đun nóng rồi thêm thịt don, tiêu đen và đập trứng vịt lộn đã luộc chín vào, ăn cùng bánh tráng nướng. Món ăn vừa có vị thanh, ngọt dịu từ don, vừa có vị béo bùi của trứng.
Miền Nam
Người miền Nam thường đặt trứng vịt lộn lên cái chén nhỏ, giống như chén uống trà, uống rượu. Cũng giống như miền Trung, họ sẽ dùng thìa đập vỏ rồi rắc muối tiêu, tắc, ớt xay, ăn kèm rau răm chó đỡ ngán. Khác với Hà Nội ăn trứng vịt lộn cho bữa sáng, người Sài thành, nhất là giới trẻ thường ăn vào bất cứ thời điểm nào trong ngày. Họ biến tấu ra nhiều món vô cùng hấp dẫn như trứng vịt lộn sốt me, nướng muối ớt, bọc khoai môn chiên giòn...
Ngoài ra, ở một số vùng miền trứng vịt lộn còn được ăn với lẩu. Quả trứng sống đập vỏ thả trực tiếp vào nồi khi đã sôi, thường là lẩu gà, lẩu bò hay lẩu riêu cua đồng, vị ngọt của trứng cũng khiến nồi lẩu thêm hài hòa đậm vị lại không bị tanh khi ăn.
